Die ersten urkundlich nachgewiesenen Orgeln im Dom von Brixen hatten ihren Standplatz nicht auf der Westempore, sondern vorne nahe dem Altarraum. Im Jahre 1531 wurde ein sonst wenig bekannter Meister Kaspar beauftragt, in der damaligen Domkirche zwei Orgeln aufzustellen, eine größere und eine kleinere. In den Jahren 1620 bis 22 wurden die Orgeln von Andrä Putz aus Passau repariert und ausgebaut. 1690 bis 91 baute Eugenio Casparini eine dem damaligen Zeitgeschmack entsprechende Barockorgel.
Beim Abbruch des alten Domes im Jahre 1745 gab es im Dom noch zwei Orgeln, die eine vorne rechts, die andere am westlichen Ende des Priesterchores. Nachdem Franz Simnacher aus Angelberg bei Mindelheim und dessen Schwager Alexander Holzhey 1758 die große Orgel auf der Westempore aufgestellt hatten, wurde die musikalische Mitgestaltung der Gottesdienste vom Altarraum auf die Sängerempore verlegt.
Bis zum Jahre 1931 gibt es keinen Nachweis einer Orgel im Altarraum. Erst beim Bau einer neuen Hauptorgel mit elektropneumatischer Spieltraktur durch die Firma Dreher & Flamm wurde im Presbyterium im linken Oratorium eine kleinere Orgel eingebaut, die man auch von der Hauptorgel aus spielen konnte.
Die Verbindung der beiden Orgeln wurde 1980 beim Bau der neuen Domorgel durch den Orgelbauer Johann Pirchner aus Steinach am Brenner nicht mehr hergestellt. Nachdem die Störungsanfälligkeit der nunmehr getrennten Chororgel immer größer wurde und sie schließlich ihren Dienst versagte, beschloss das Domkapitel, eine neue Orgel für den Chorraum bauen zu lassen. Die Ausführung wurde wieder dem Orgelbauer Johann Pirchner anvertraut.
Chororgeln findet man vor allem in Domen und großen Ordenskirchen. Sie sind dem liturgischen Geschehen näher und dienen der Unterstützung des gesungenen Chorgebetes, besonders von Laudes und Vesper. Si werden bei Messfeiern mit kleinen Gruppen verwendet, ebenso bei besonderen Feierlichkeiten, wenn Chöre im Altarraum oder im Kirchenschiff singen. Mit der neuen Chororgel hat der Brixner Dom gleichsam eine neue Stimme erhalten, um Gott zu rühmen und seinen Namen zu preisen.
Im Gedenken an das 250. Todesjahr von Fürstbischof Künigl, unter dem der Bau des barocken Domes begonnen wurde, wird die neue Orgel nach diesem bedeutenden Bischof auf dem Stuhl des Heiligen Kassian benannt: „Chororgel Fürstbischof Kaspar Ignaz Graf Künigl“. Die Weihe der neuen Chororgel fand am 23. November 1997 statt.